Dari kisah penduduk, ada dua versi mengenai asal usul Gua Jatijajar. Pertama, setelah Djajamenawi menemukan gua, tak lama kemudian Bupati Ambal, salah satu penguasa Kebumen waktu itu, meninjau lokasi tersebut. Saat mendatangi gua, dia menjumpai dua pohon jati tumbuh berdampingan dan sejajar pada tepi mulut gua. Dari kisah itu lalu ditemukan istilah Jatijajar, dari kata jati yang sejajar.
Sejak 1974, Pemerintah Kabupaten Kebumen dan Provinsi Jawa Tengah (Jateng) mulai menangani gua itu sebagai objek wisata. Setahun kemudian, di sepanjang lorong gua ditempatkan 32 patung yang menggambarkan legenda Raden Kamandaka. Legenda itu sangat terkenal di daerah Banyumas.
Dari versi ini, saat Kamandaka dikejar-kejar Silihwarni, dari dalam gua ia menyebutkan jati dirinya. Ia mengaku sebagai putra mahkota Pajajaran. Dari kisah itu muncul kata sejatine (sebenarnya) dan Pejajaran. Nama Gua Jatijajar lalu terkenal hingga saat ini. (berbagai sumber)
Gua Jatijajar berada di kaki pegunungan kapur. Objek wisata ini sungguh sangat menarik. Pegunungan kapur ini memanjang dari utara dan ujungnya di selatan menjorok ke laut berupa sebuah tanjung. Sebagaimana umumnya objek wisata lain di Indonesia, yang hampir selalu menyimpan legenda, Gua Jatijajar pun tak terkecuali.
Kata yang punya cerita, Gua Jatjajar ini pada jaman dahulu merupakan tempat bersemedi Raden Kamandaka, yang kemudian mendapat wangsit. Cerita Raden Kamandaka ini kemudian dikenal dengan legenda Lutung Kasarung. Visualisasi dari legenda tersebut dapat kita lihat dalam diorama yang ada di dalam goa itu. Masuk ke dalam gua ini, bagaimanapun ada rasa degdegan. Betapa tidak! Karena merasa seperti masuk ke dalam mulut binatang purba Dinosaurus. Tambah ngeri lagi jika membayangkan gelapnya suasana di dalam perut dinosaurus tersebut. Namun rasa cemas itu segera sirna, sebab ruangan diterangi oleh lampu listrik dari ujung ke ujung. Meski mulut gua cukup lebar, namun ruang perut dinosaurus lebih lebar lagi. Pada langit-langit terdapat sebuah lubang sebagai ventilasi. Di tengah-tengah terdapat kursi melingkar tempat duduk pengunjung sambil menikmati indahnya ornamen stalagtit dan stalagnit serta diorama legenda Lutung Kasarung.
Setelah puas menyaksikan sajian ini, perjalanan dilanjutkan dengan menuruni tangga menuju ruang yang merupakan bagian ekor dari dinosaurus tersebut. Di dalam ruang ini, Anda dapat melihat sumber mata air yang disebut Sendang. Jumlah sendang tersebut ada 4 buah, yaitu Sendang Mawar, Kantil, Jombor dan Puserbumi. Sendang Mawar dipercayai mempunyai kekuatan gaib yang bisa membuat seseorang tetap awet muda, karenanya setiap pengunjung selalu menyempatkan diri untuk membasuh muka dengan air Sendang Mawar tersebut. Dipenuhi oleh rasa kagum dan terpesona, tanpa terasa Anda telah menempuh jarak 250 meter menyusuri perut dinosaurus. Fantastis bukan? Dan itulah kenyataannya. Bukan itu saja, bahkan tanpa Anda sadari, Anda telah masuk ke perut bumi sedalam 40 meter. Benar-benar suatu petualangan yang santai yang hanya bisa dicicipi di Taman Wisata Gua Jatijajar.
TRAVEL TIPS Untuk sampai ke Taman Wisata Gua Jatijajar, tidaklah terlalu sulit. Apabila Anda naik kendaraan umum, ambillah jurusan Gombong-Jatijajar. Jika ingin menginap, di sekitar lokai terdapat hotel melati dan homestay dengan tarif terjangkau. Di dalam area wisata juga terdapat Pasar Seni, yang menyediakan berbagai kerajinan tangan dan makanan yg dapat Anda beli sebagai oleh-oleh dengan harga yg cukup murah.